平安末期、平治の乱において敗戦した源義朝の次男・朝長は都落ちの最中、美濃国の青墓の宿で自害の道を選ぶ。その報せを聞き、かつて守役として仕えた清涼寺の僧一行（ワキ・ワキツレ）は遥々、墓所を訪れて手を合わせていた。そこに青墓の宿の女長者（前シテ）が現れる。女長者もまた朝長を弔う者のひとりであり、自害の夜に宿を貸した縁を語るとともに最期の様子を伝え、僧たちに今宵の宿を提供する。

宿の下人（アイ）から改めて自害の顛末を聞かされた僧は、弔いをする。　そこに朝長の亡霊（後シテ）が現れると戦に敗れた無念、そしてわずかな縁でありながらも弔いを続けてくれる女長者への感謝を述べる。やがて朝長は修羅道の苦しみを語り、僧に回向を頼んで消えていく。

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東山にある雲居寺で説法をおこなっていた自然居士（シテ）の前に、孤児の少女（子方）が身を売って得た小袖を持って現れる。両親を亡くしていた少女はそれをお布施として供養を頼み込むが、そこに人商人（ワキ・ワキツレ）が現れ、門前の者（アイ）の制止を振り切って少女を連れ去ってしまう。

自然居士はその後を追いかけ、琵琶湖畔で舟を出そうとしていた彼らを見つけ、小袖を返すとともに少女の解放を求める。仏法の道を歩み、脅しにも怯むことのない自然居士の様子に人商人たちは遂に根負けし、舞の名手でもある自然居士に対して舞を舞うことを条件に少女の解放を約束する。

そこで自然居士は彼らの要求に従いさまざまな舞を披露し、やがて少女とともに都に帰るのであった。

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